L'idea di costituire un museo diocesano a Brescia è relativamente recente. Dell'iniziativa si fece carico Monsignor Angelo Pietrobelli, il quale individuò nel chiostro maggiore di San Giuseppe una sede prestigiosa ed adeguata. Lungo e complesso è stato il processo di acquisizione della proprietà da parte della Diocesi di Brescia, risolto con un'apposita legge parlamentare.
Nel 1978, il Vescovo di Brescia Mons. Luigi Morstabilini istituì canonicamente la “Fondazione di religione” denominata “Museo Diocesano di Arte Sacra”, inaugurato il 23 dicembre.
Il 21 aprile 1988, il Vescovo di Brescia Monsignor Bruno Foresti sostituì il precedente Statuto con uno nuovo, in cui si stabilisce che, oltre al recupero e alla conservazione di opere d'arte e di materiali della Diocesi minacciati di rovina e di dispersione, sono finalità del museo anche attività di restauro, iniziative culturali e animazioni didattiche. Sempre grazie al Vescovo Foresti, il chiostro maggiore di San Giuseppe venne totalmente restaurato. Lo stesso Vescovo volle che il chiostro ospitasse anche l'Archivio, la Biblioteca e l'Inventario diocesano. Quest'ultimo conserva la schedatura e la documentazione fotografica dell'intero patrimonio artistico religioso della Diocesi.